1997年十五大報告再一次提出要“推進機構改革”，認為當時“機構龐大，人員臃腫，政企不分，官僚主義嚴重，直接阻礙改革的深入和經濟的發展，影響黨和群眾的關系”，在這種背景下，新一輪行政體制改革的序幕在1998年被拉開了。

　　這次改革的目的，是解決機構龐大、人員臃腫、政企不分、官僚主義嚴重等弊端，進一步深化經濟體制改革，促進經濟與社會的全面發展與進步，密切黨和政府同人民群眾的聯系，推進黨和國家領導制度的改革。

　　這次改革的目標是建立辦事高效、運轉協調、行為規范的行政管理體系，完善國家公務員制度，建設高素質的專業化的國家行政管理干部隊伍，逐步建立適應社會主義市場經濟體制的有中國特色的行政管理體制。

　　1．國務院機構改革 

　　1998年機構改革的重點是國務院組成部門。這些部門被分為宏觀調控部門、專業經濟管理部門、教育科技文化、社會保障和資源管理部門以及國家政務部門四類并確定了各自的主要職能。同時對國務院直屬機構、辦事機構以及部委管理的國家局也進行了相應的調整。

　　同改革開放以來所進行的前三次機構改革相比，1998年的國務院機構改革在以下幾個方面取得了明顯的成效。

　　第一，政企分開取得了突破性進展。撤銷了一批工業經濟管理部門和行政性公司、總會，組建由國家經貿委管理的國家局。同時建立國有企業稽查特派員制度。

　　第二，國務院組織機構的設置及其職能配置更趨于合理。這次改革確定，一件事由一個部門負責管理，合并相同或相近的職能，根據這個原則，將原來由勞動、人事、民政、衛生四個部門管理的以及由各行業部門統籌的社會保障工作，統一由勞動和社會保障部管理；將原來由幾個部門分管的藥品、藥政、藥檢等職能，統一由國家藥品監督管理局管理；國家發展計劃委員會、國家經貿委、財政部和中國人民銀行由綜合經濟部門改為宏觀調控部門；為適應經濟和社會的發展，還加強了公共服務部門，新設立了勞動和社會保障部、國土資源部、信息產業部等職能機構，成立高層次的科技教育領導小組。

　　第三，在理順中央政府與地方政府關系方面有新的進展。將一批原由中央政府各部門管理的部分審批權和具體事務性工作下放到地方政府管理。精簡機構和人員取得實效。國務院組成部委由40個減至29個。國務院各部門內設司局級機構和國務院行政編制人員也進行了大幅度的精簡。

　　第四，人員分流工作初見成效。這次機構改革，機構和人員調整較多，人員分流的辦法是“帶職分流，定向培訓，加強企業，優化結構”。1998年改革是在我國全面實行社會主義市場經濟體制、實行經濟增長方式轉變、實行經濟發展戰略調整的新的歷史條件下，集中進行的一次具有相當廣度和深度的改革。但從現在來看，這次改革提出的轉變政府職能的目標并沒有完全實現，職能轉變遲緩；為了實現減編定員的高目標，有些部門占用事業編制來接收行政編制分流的部分人員、使用借調干部來補充工作人員不足，機構和人員仍處于“膨脹—精簡—膨脹”的循環怪圈。改革仍然具有一定的過渡性，有待于進一步深化。

　　2．地方政府機構改革 

　　1999年1月，中共中央、國務院發出《關于地方政府機構改革的意見》，同年7月，召開全國地方機構改革工作會議，明確了地方機構改革的指導思想、目標任務和方針政策。2000年，又發出《關于市縣鄉人員編制精簡的意見》，提出了編制精簡的指導思想和原則、配套政策與措施，明確了市縣鄉各級精簡的重點和具體要求。

　　2001年2月，召開全國市縣鄉機構改革工作會議，部署市縣鄉機構改革工作，研究貫徹落實措施，全面展開全國市縣鄉機構改革工作。改革的要點有：精簡行政編制；清理現有行政審批事項，簡化和規范行政審批程序；清理整頓行政執法隊伍，實行集中綜合執法；堅決清退超編人員和各類臨時聘用人員；切實做好人員分流工作，鼓勵和支持分流人員自謀職業、自主創業。

　　3．事業單位改革 

　　在這一階段，從中央到地方，各級黨委、政府都把事業單位改革納入了改革的重要日程，制定政策，加強領導，事業單位機構和人事制度改革全面啟動，其他改革也不斷深入。特別是從20世紀90年代中期以后，黨中央、國務院開始對事業單位改革進行總體上的部署，每年都有新的措施和要求。在這一形勢下，教育、科技、文化、衛生等行業以及大多數省市都啟動、實施了事業單位改革。

　　從宏觀方面說，1998年《事業單位登記管理暫行條件》、《民辦非企業單位登記管理暫行條例》頒行，從立法高度初步明確事業組織的分類及各類事業組織（事業單位、民辦非企業單位）的性質、法人地位、管理體制等。教育、科研、衛生、新聞出版以及勘察設計等事業單位的改革分類推進，取得了重要進展。2000年后，教育、科技、衛生等事業單位人事制度改革的意見和加快推進事業單位人事制度改革的意見等陸續出臺，標志事業單位人事制度改革全面展開。在此形勢下，地方的事業單位改革不斷探索和創新，取得許多寶貴經驗，較好地促進了社會事業的發展。

　　4．行政法制建設 

　　1999年4月，《中華人民共和國行政復議法》通過，自1999年10月起施行。它對于健全我國的行政法制體系、強化層級監督和行政復議的權威性、優化權利救濟制度，促進依法行政、依法治國，均具有重大的意義。